En una de las últimas actualizaciones del plugin Contact Form 7 ha habido algún cambio que provoca que si no se especifica expresamente, el tipo de campo file no permite al usuario subir archivos en formato pdf.
Hasta hace poco, si añadíamos un campo de tipo archivo a nuestro formulario sin especificar nada: [file nombre_del_campo], el usuario podía adjuntar tanto imágenes en jpg o png como archivos pdf, doc o docx, ahora sin embargo necesitamos especificarlo si queremos que se pueda adjuntar este tipo de archivo:
[file file-44 filetypes:pdf|jpg|png|doc|docx]
Aquí tienes más información sobre el campo archivo y los parámetros de que dispone: